John Paul II meninggal dunia pada hari Sabtu, pada malam Hari Kerahmatan Tuhan, 2 April 2005. Waktu kematian rasmi pada sijil kematiannya ialah 9:37 malam,[72][73] tetapi beberapa sumber melaporkan 9:33 malam. Sijil kematian menyatakan bahawa apabila Paus meninggal, beliau menderita penyakit Parkinson,[74] dengan kesukaran bernafas yang serius. Paus menjalani pembedahan tracheotomy pada pertengahan Februari tetapi tidak membantu dan beliau kehilangan berat badan. Beliau juga mempunyai prostat yang diperbesar, jangkitan kencing dan masalah lain. Penyebab kematian ialah buah pinggangnya gagal, menyebabkan keracunan darah dan jangkitan yang disebabkan oleh kejutan septik. John Paul II mengucapkan kata-kata terakhirnya, "pozwólcie mi odejść do domu Ojca", ("Biarkan saya berangkat ke rumah Bapa"), kepada pembantunya, dan koma kira-kira empat jam kemudian.

Pasukan perubatan Paus menggunakan mesin pemantauan jantung selama lebih dari 20 minit, sehingga masa sebenar kematiannya adalah sekitar pukul 9:15 waktu Vatikan. Sebagai tradisi, namanya dipanggil tiga kali. Apabila tiada balas, "cincin kepausannya patah", yang bermaksud berakhirnya kepausan John Paul II (memerintah sebagai paus).[47]

Ramai orang mendakwa telah diberkati semas pemerintahan Paus John Paul II. Ramai orang menyangka beliau harus diberi gelaran "Diberkati" (Blessed). Ini biasanya mengambil masa sekurang-kurangnya lima tahun (dan mungkin mengambil masa beratus-ratus tahun). Pada 13 Mei 2005, Paus Benedict XVI mengurangkan tempoh menunggu 5 tahun yang biasa untuk memulakan proses beatifikasi. Satu-satunya masa yang lain (dalam sejarah baru-baru ini) bahawa ini telah berlaku adalah untuk Mother Theresa, yang dibuat Mother Theresa yang Diberkati oleh John Paul II. Telah diumumkan pada 14 Januari 2011, bahawa John Paul II akan dibeatifikasi pada 1 Mei 2011 (Hari Kerahmatan Tuhan). Menurut Vatikan, jenazah Paus John Paul II (yang tidak akan didedahkan) akan dipindahkan dari gua di bawah Basilika St. Peter, di mana beliau kini dikebumikan, ke monumen batu marmar di Gereja Kecil St. Sebastian Pier Paolo Cristofari, yang mana Paus Innocent XI yang Diberkati kini dikebumikan; Jenazah Paus Innocent yang Diberkati mungkin akan dipindahkan. Lokasi yang lebih menonjol ini, di sebelah Chapel of the Pieta, Gereja Kecil Sakramen Mahakudus dan patung Paus Pius XI dan Pius XII, akan meningkatkan jumlah penziarah yang mampu melihat peringatannya. "Ia akan menjadi kegembiraan yang besar buat kita apabila beliau secara rasmi dibeatifikasi, tetapi sejauh kita bimbang beliau sudah menjadi Santo."—Stanisław Dziwisz.

Pada 30 September 2013, Paus Francis berkata bahawa John Paul II, bersama dengan Paus John XXIII, akan dijadikan santo atau orang suci pada 27 April 2014. Ini adalah kali pertama dua paus telah dijadikan orang suci pada hari yang sama.

Apabila John Paul menjadi seorang santo, terdapat cadangan bahawa 22 Mei —50 hari selepas kematian Paus tersebut—harus dijadikan hari rasmi memeperingati John Paul II pada Kalendar Gereja Para Orang Suci. 18 Mei & 2 Julai juga telah dicadangkan sebagai hari suci rasminya pada kalendar gereja.[75]